上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的救世主，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，母体决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入母体，寻找制钥者，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了母体的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。